El territorio de la actual Provincia de Jaén ha conformado, desde los albores de la civilización americana, una de las áreas de mayor interrelación regional e integración cultural del espacio andino amazónico.
De los primeros pobladores y de los orígenes de su cultura, han quedado para el presente las reliquias arqueológicas de sus grandes asentamientos humanos y centros ceremoniales como Montegrande, Tocaquillo, Shaupe, Huayurco, tomependa, que con su arte lítico y pictórico, o su variada alfarería y metalurgia de oro entre otras muestras son las huellas que testimonian su ruta civilizatoria seguida desde tiempos anteriores a la gran formación de la Cultura Chavín.
En el periodo formativo Temprano se percibe en su cerámica las influencias de los Pandache y Pacopampa; durante el formativo superior por los años 400 a. C. los Cupisnique (Chavín), arribaron al valle de Jaén y del Marañón a través de Pacopampa, su poderoso enclave, los que en su avance edificaron el gran centro ceremonial de Pomahuaca a orillas del río de Huancabamba, lugar al que se le denomina Ingatambo.
Por su proximidad a la región costera y altoandina, siempre estuvo sujeta a través del tiempo a la influencia de fuertes desarrollos regionales, como los Vicús, Moche, Chimú, Cajamarca y Chachapoyas (Tabaconas, Salliques y Chontalies). Finalmente, sólo la parte de la sierra norte fue anexada al imperio del Tahuantinsuyo por Tupac Inca Yupanqui en la década de 1470 d. C. Los españoles, informados de sus grandes riquezas, priorizaron su conquista. En Lima, Francisco Pizarro encomendó está misión al Capitán Juan Porcel de Padilla, quien entró a la región de Chuquimayo (en lengua quehua "río de las pepitas de oro") en 1536, y fue reemplazado por Diego Palomino, el que en 1549 fundó la Ciudad de Jaén de Bracamoros, en la margen izquierda de la desembocadura del río Chinchipe en la confluencia con el Marañón cerca del actual Distrito de Santa Rosa (P.Martín Cuestas S.J).
El Capitán Juan Porcel, fue quien fundó la primera ciudad por estos lares, con el nombre de Nueva Jeréz de la Frontera, la misma que estaría ubicada muy cerca al Pongo de Rentema en zona de la Provincia de Bagua (Amazonas); la misma que tres años después la trasladó a otro lugar a orillas del Río Chuquimayo (actual Río Chinchipe). Sobre los restos de ésta segunda mencionada ciudad, el Capitán Diego Palomino fundó Jaén.
Jaén, en la época colonial, formó parte del Virreinato del Perú. En 1563 pasó a depender política y administrativamente de la Real Audiencia de Quito, y en lo religioso, del obispado de Trujillo desde 1616. Sufrió la anexión al Virreinato de Nueva Granada en 1717, pero fue reincorporado al Virreinato del Perú en 1723. En 1739, nuevamente Jaén de Bracamoros sufrió la segunda anexión al Virreinato de Nueva Granada, que duro hasta que se auto-declaro independiente de la Corona Española en 1821.
En 1807 la ciudad de Jaén de Bracamoros fue trasladada a su actual emplazamiento, a orillas del Río Amojú Sector Quintana.
En la gesta emancipadora, la gobernación de Jaén respaldó la independencia de Trujillo y proclamó su propia independencia de España y de la Real Audiencia de Quito, bajo el principio jurídico de libre determinación de los pueblos, el 4 de junio de 1821, mérito que lo convierte en cuna de la peruanidad (corazón del Perú).
En 1822 tuvo representación en el Congreso de la República. La Provincia fue creada el 19 de mayo de 1828. En sus inicios formó parte del departamento de Trujillo, luego de La Libertad, hasta 1855 año en que fue creado el Departamento de Cajamarca.
Restos Arqueológicos de Montegrande
Restos Arqueológicos que marcaron la historia
